Непосредственное руководство деятельностью Организации осуществляет директор.
Обязанности главного бухгалтера выполняет директор АНО НИЦ «Безопасность».
Коллегиальным высшим органом управления Организации является Собрание учредителей – постоянно действующий руководящий орган Организации. Основная функция высшего органа управления Организации – обеспечение соблюдения Организацией целей, в интересах которых она создана.
Единоличным органом управления является директор Организации.
Полномочия директора и органов управления разграничены в Уставе АНО НИЦ «Безопасность» и локальных нормативных актах Организации.